Сайт состоит из страниц, страница анкеты - это тоже страница сайта. Для срабатывания защиты не важно, что именно пользователь дергает по несколько раз в секунду - страницу анкеты или страницу каталога.

Там есть команда:

if (!in_array($matches[1][$j], $phones)) array_push($phones, $matches[1][$j]);

Означающая: если в массиве нет такого номера телефона, то добавить его. Если бы проверки на уникальность не было, то скрипт собрал бы не 1700 телефонов, а 2500 (по кол-ву анкет).

Впрочем, раз программа написана не Вами и Вы не можете вносить в нее исправления, то, наверное, нет смысла искать ошибку. Я со своей стороны, написав и выложив работающий скрипт, наглядно (на мой взгляд) показал, что ошибка не на моей, а на Вашей стороне.