Например, ЭТИМ :
http://www.surfpilot.net/sspilot.html
1) Бесплатная
2) Заточена под MS Internet Explorer
3) Не только удаляет файлы, но и ПЕРЕзатирает их, делая невозможным их восстановление.
4) Удаляет еще много чего, кроме Cookies

Минус:
Надо чуть-чуть почитать доку ( RTFM !!! )
При настройке проги нада занести те сайты, которые надо скрыть в black-list. Затем прога будет афтоматически затирать инфу по ним после выхода из IE.