Так это при выемке. (Конечно вопрос - как они туда попали?

). Закладывают же в банкоматы купюры после поверки банком (как и были выявлены фальшивки в данном случае).
Вносимые и выдаваемые банкоматом купюры никак не связаны напрямую - только через банк. Контейнеры разные.