Транскрипции в биометрических паспортах и обычных различаются.
В посольстве тупо объясняете что и как. В идеале приложить копии старых паспортов.
В принципе если сильно зажмет - получал для "знакомой" справку из УФМС, что фамилия может быть написана по-разному.
Впрочем у знакомой фамилия была действительно "сложная"