К сожалению, недостаточное понимание механизма ПЦР на первом этапе ее использования в клинических лабораториях привело к обескураживающим результатам. Выяснилось, что, работая по одной и той же методике, одни лаборатории не давали ложноположительных результатов реакции, в других специфичность анализа была крайне низкой. Причины этого явления оказались крайне просты. Дело в том, что в процессе ПЦР нарабатываются фрагменты ДНК (ампликоны), являющиеся в свою очередь идеальной мишенью для амплификации. При манипуляции с пробирками после проведения ПЦР, особенно если это происходит в том же помещении, где готовят и раскапывают реакционные смеси для новых ПЦР-анализов, возможной случайное попадание ампликонов в пробирки, подготовленные к анализам. В связи с высокой аналитической чувствительностью ПЦР для появления ложноположительного результата достаточно попадания 10 молекул ампликона из предыдущих реакций. В процессе ПЦР на материале, содержащем вирус, могут нарабатываться миллиарды ампликонов, которые при проведении регулярной работы накапливаются в лаборатории и контаминируют поверхности столов, растворы, пипетки и т. д., приводя к систематическим или спорадическим ложноположительным результатам [18]. Данная проблема решается путем строгого разделения ПЦР-лаборатории на три рабочие зоны, где проводится каждый из перечисленных выше этапов анализа [8]. Нами в 1995 г. разработаны подробные методические рекомендации, позволяющие полностью избежать появления ложноположительных результатов ПЦР вследствие контаминации ампликонами, бывшей одно время бичом ПЦР-лабораторий [2]. При устранении основной причины ложноположительных результатов, а также при исключении случайного переноса ДНК от пробы к пробе в процессе выделения, специфичность ПЦР-анализа определяется только специфичностью праймеров и при удачном их выборе становится близкой к 100% [8, 18].