Нет, всю сумму. Просто, если в первой ( как бы ошибочной)платежке был выделен НДС, то во второй было указано "НДС не облагается". Сама сумма не изменилась.

Еще раз хочу подчеркнуть, что ошибка обнаружилась достаточно быстро, и наши покупатели еще не успели принять уплаченный нам НДС к зачету.