На эту тему лингвистами уже библиотека монографий написана, как именно в какой местности могло произноситься имя Иисуса. С учетом влияния латыни, миграции народов и прочей узкоспециальной фигни. Так до сих пор к единому мнению и не пришли, насколько я знаю.
Рассматривались варианты
Исус
Иисус
Иесус
Иешус
Иешуа
Йошуа
Йошес
И еще десятка полтора, на любой вкус. И каждый вариант убедительно доказан на 40 страницах.

КСтати, у нас до раскола произносилось Исус, с одной "и".
------------
пыс. Так же долго можно спорить, как правильно - Мицубиси или Мицубиши... В разных местностях Японии произношение разное.