Первое - не пЫсать. В налоговой тоже люди, и если вас с Васей за долгую практику работы с помойками не нахлобучили, а, уж поверьте, ловится ваш мизер на раз, значит эти налоговые люди готовы на компромисс.

Второе. Вася, как я понял, только не предоставил докуметов, а расчеты произвел? Тогда сделайте печати и подписи и прикройте тазобедренный сустав, хотя бы формально, на время. При появлении Васи постарайтесь добиться от него документов. Не получится добиться - оставьте все как есть. Лучше хреновая затычка, чем добротная дыра в документах. Едва ли Вася, откажи он в документах, будет каким-то образом афишировать свой бизнес и то, что документы его фирмы слепили.

Дергаться с ликвидацией фирмы не стоит: условно, Вам удастся перетянуть долгосрочный контракт на новую фирму, но где гарантии, что и по новой, не дай Бог, конечно, не возникнут подобные трудности? Что, будете опять перетаскивать на нового юрика? Если деловая репутация фирмы значения не имеет - тогда другое дело.