1. Обычно гл. бухгалтеру выплачивают все что ему причиталось, т.к. он слишком много знает.
2. Кому Вы были подчинены по штатному расписанию: директору или заму по экономике, от этого многое что завист.
3. А кто отвечает за черную зарплату, разве не гл. бух в части левых контрактов, так что это обоюдоострое оружие, как вы правильно думаете, но все же см. п.2.