особенно это

Чупа все правильно расписал, только может языком не очень понятным.
Когда ты купил товар на 1000, то скорее всего у тебя было написано "в том числе ндс в сумме..."
Когда ты его продаешь, то ты так же выделяешь ндс, но уже 18% не с тысячи, а с тысячи сто.
Разница с этих сумм и есть твоя налогооблагаемая база по НДСу.
Если купил к примеру у ИПшника и НДСа не было, а продал с НДС как ООО, то ты попал на 18% от суммы продажи.
По прибыли: прибыль при обычном налогообложении - это разница между почем купил-почем продал-минус твои затраты. Так вот затраты должны составлять в идеале эти самые 100 руб, которые на тысячу легли. И правильный бухгалтер должен их нарисовать. Тем море от командировок до глобальной аренды. А если бухгалтер не может рисовать, значит его по основной теме форума во все пихательные