Пени являются мерой обеспечения исполнения обязательства, следовательно, в отсутствие (по причине пропуска инспекцией 3-годичного срока давности взыскания налога) обязанности по исполнению основного обязательства (по уплате налога) обеспечение исполнения обязательства применяться не может.

есть суд. практика, лень искать...

и еще прочти внимательно п.п. 1, 5, 6 ст. 75 НК РФ и ст. 70 НК РФ